Posle ugušene pobune, snage Nabukodonosora su
opljačkale sam Jerusalim, skidajući sa Hrama sve zlatne listove i vredne
predmete. Ovi predmeti su , verovatno, reprodukovani godinama da bi se zamenilo
ono što je oteo Ramses II neka tri veka ranije. Vavilonci su zatim polomili dva
stuba, laver i žrtveni oltar pre nego što su spalili do temelja konstrukciju
koja je stajala tu više od 370 godina. Zatim su nastavili sa rasturanjem zidova
tvrđava tako temeljno da je veoma malo tragova od svega toga ostalo.
Negde tokom ovog perioda, Kovčeg Zaveta je potpuno nestao, i nikada više nije
pomenut u Bibliji. Predpostavlja se da se ne pominje ili zbog toga što je bio
uništen ili, što je mnogo intrigantnije, zbog toga što je bio sakriven negde
tokom prethodnih deset godina, a što se nikada neće otkriti. Izgleda neverovatno
da bi Visoki Sveštenik pasivno mogao da dozvoli njegovo zarobljavanje.
Isto tako je teško prihvatiti
da je uklanjanje tako svetog predmeta, zajedno sa duboko religioznim značajem
koji je Kovčeg imao i vršio, moglo proći nezabeleženo i neprimećeno. Nije bez
osnove ni posumnjati da je bio sakriven u dubinama Gore Morijah.
Sa druge strane prorok
Jeremija, u Apokrifama, je naznačen i to veoma jasno, kao neko ko je uklonio i
sakrio Kovčeg u pečinama izvan Jeruslima i koji ga je zatim zapečatio
(29).
Graham Hancock, u svom BBC programu od 8-og Avgusta
1993, postavlja jednu drugu teoriju, po kojoj je Kovčeg bio tajno prebačen u
Aksum, prethodnu drevnu prestonicu Etiopije. U svemu ovom što se dogodilo, bilo
kakav da je odgovor, njegov nestanak je ostao najveća biblijska misterija.